ポイントは２つ

　使うには、重要なポイントが２つあります。
　いずれもこのアプリの操作ではなく、並行して行う写真(photos）.app上での操作の注意点です。
　１つはアルバム「重複とマークされた写真」への、重複写真の移行
　２つ目は、アルバム「重複とマークされた写真」からの、重複写真の削除方法
１は、アルバム「すべての写真」を選択した上で作業を進めなければ、アルバム「重複とマークされた写真」が自動に作られません。そして重複写真がそこに入りません。
２は、アルバム「重複とマークされた写真」で、削除する写真を選択、カーソルをその写真に当ててcontrol＋クリック。表示されたプルダウンメニューの一番下の「◯枚の写真を削除」を選択。これで写真は削除されます。
　その上にある「アルバムから削除」では、書いてある通りアルバム「重複とマークされた写真」から消えて見えなくなるだけ。「写真」や、アルバム「すべての写真」を開くと重複写真が残ってます。
　またアルバム「重複とマークされた写真」で、写真.appのメニューの「イメージ」＋「アルバムから削除」を選択しても同じです。
　本当に「写真」や、アルバム「すべての写真」からの消えていて、重複しているデータが削除されているならば、アルバム「最近削除した項目」の中に、削除写真が入るのでわかります。
　このアプリの作業手順では、ただ、選択して消してくださいと書かれているだけ。
　アルバムから、元データごと写真を削除する方法は、あくまでも写真.app上のことなので書かれていないようです。
　何ヶ月間も、何度やっても消えないので、困ってました。ただ、写真.appの事をきちんと理解していなかっただけですが。

M_takeuchi about Duplicate Photos Fixer Pro, v1.8.1